Sauvez Willy 2.

La chanson Childhood devient la bande originale du film Sauvez Willy 2.

They Don't Care About Us déclencha une polémique[réf. nécessaire] à sa sortie à cause de ses paroles controversés, que certains considèrent comme antisémites, ce dont Jackson se défend. Les phrases « Jew me, sue me / Kick me, kike me » sont modifiées dans une deuxième vague de sortie de l'album. Dans cette chanson, le chanteur exprime son désir de ne pas être enfermé dans des catégories liées à sa couleur de peau ou à ses origines : « Traitez moi de juif, de blanc ou de noir » (« Don't you black or white me »). Spike Lee tournera deux versions de ce clip. L'une où Jackson danse dans les favelas de Rio, l'autre, boycottée par les chaînes musicales américaines qui refusent de la diffuser avant 21 heures, où Jackson interprète le titre dans une cellule de prison tapissée d'écrans qui diffusent des images d'actualité de guerre, de famine et de bavures policières. Un autre single de l'album aurait dû voir le jour, Smile, hommage à Charlie Chaplin, mais fut annulé peu avant sa distribution.

Jackson s'est ensuite remarié le 15 novembre 1996 avec une femme de confession juive, Deborah Rowe dit "Debbie", infirmière en dermatologie qu'il connaissait depuis 1981. Ils ont eu ensemble un fils le 13 février 1997 qu'ils ont appelé Prince Michael Junior, et une fille appelée Paris Katherine Michael le 3 avril 1998, puis ont divorcé à l'amiable le 8 octobre 1999. Deborah Rowe alias Debbie déclarera laisser en « cadeau » (réclamant quelques millions de dollars) les deux enfants à la garde exclusive de Michael Jackson, en abandonnant ses droits parentaux. En décembre 2005, Debbie Rowe ayant changé d'avis, elle saisissait un tribunal familial pour reprendre ses droits parentaux. L'affaire a depuis été résolue de manière à satisfaire les deux parents. Les parrains des deux enfants sont les stars Elizabeth Taylor et Macaulay Culkin.

En 1997, Sony impose à Michael Jackson de sortir Blood On The Dance Floor, un album de remixes de quelques chansons de HIStory ainsi que 5 nouvelles chansons. Cet album est destiné à accompagner la partie européenne du HIStory World Tour.

La chanson titre sort en single accompagnée d'un clip co-réalisé par Michael. L'album est passé presque inaperçu aux États-Unis mais a encore une fois été plus populaire en Europe. Ce fut l'album de remixes le plus vendu au monde (avec 6 millions d'exemplaires vendus).[réf. nécessaire]

Michael Jackson a également produit Ghosts, un court métrage à sensation de 40 minutes réalisé par Stan Winston, et écrit par Michael et Stephen King, qui a été diffusé hors-compétition au Festival de Cannes de 1997 puis dans quelques salles de cinéma. Le film utilise les chansons 2 Bad, Ghosts et "Is It Scary" (2 titres inédits de l'album Blood on the Dancefloor). Ghosts est le second single de l'album de remix, accompagné d'un clip réunissant des images du court-métrage. Celui-ci est occasionnellement diffusé sur les chaînes télévisées musicales, surtout pendant la période de Halloween.

Au début du printemps 1998, John Mc Clain, co-fondateur du label A&M et responsable du succès de Janet Jackson, devient le nouveau manager de Michael. En juin 1999 sont organisés deux concerts intitulés Michael Jackson & Friends à but caritatif, l'un à Séoul et l'autre à Munich. Ces concerts réunissent sur scène avec Michael certaines des plus grandes stars mondiales (Andrea Bocelli, Mariah Carey, Scorpions, Noa, Ringo Starr...). Une chanson écrite pour l'occasion, What More Can I Give, ne sera finalement pas interprétée sur scène ni commercialisée avant les attentats du 11 septembre 2001.